澳门馆以“玉兔宫灯”方案作为外形设计蓝图。兔子是和谐相容的象征，机灵通达的化身，是古今中外人们乐于运用的吉祥动物，澳门馆的玉兔外型设计灵感来自于华南地区古时的兔子灯笼外型。如果将上海世博会中国馆比喻成神话中的南天门，那澳门馆就犹如在南天门旁的一只仙兔，与中国馆一起共同迎接世界各方的来宾。

澳门馆的“玉兔宫灯”主体建筑占地约637平方米，楼高7层，建成后将拥有约1000平方米展示面积。展馆主体建筑高19.99米，寓意澳门回归的年份1999年。

澳门馆“玉兔”外层以双层玻璃薄膜为材料，可以不停地更换颜色，而且外墙也是一个荧光屏，可以展示不同的影像。兔子的头部和尾部是一个气球，可以任意上升或下降，以此吸引参观者。“玉兔”内部由一条螺旋形长斜坡组成，在斜坡两旁设有展示器，由地面直达上层平台。这一条螺旋形长斜坡亦是一个舞台。上海世博会期间，来澳门馆的参观者将发到一只小兔子灯笼。参观者们在螺旋形长斜坡上移动，从外头看，点点灯光连接在一起，会形成一副有趣的画面。“玉兔”内部中心还将设有一个虚拟影像播放空间，使参观者感受到不一样的体验。顶层则将建造一个天幕播放时，人们可以躺着欣赏电影。

澳门馆同样贯彻着环保的理念。馆外层上半部以太阳能板作为能源提供，在内部有一个雨水收集器，用作水的循环再使用。建造时以铁金属为主材料，省掉许多耗水的材料。所有建筑材料都可以循环利用，以此避免污染环境。